兰新铁路沿途有迪化，吐鲁番、哈密等大型的交通枢纽，与四通八达的小铁路，构成天山省铁路交通网。
在华夏军进入天山省之前，吐鲁番、哈密一直控制在地方割据势力叶尔羌汗国统治者阿不杜拉手里。豪格率领华夏军进入天山省，哈密首先臣服。
阿不杜拉被他的两个儿子谋杀之后，长子尧勒瓦斯继承汗位。尧勒瓦斯欲反华自立，与手下各头目商议：“甫免为汉人役使，今若投诚，又当纳贡。不若自长一方，种地守城，足为捍御。”
次子司马依却不愿意与华夏军为敌。但是尧勒瓦斯固执己见，兄弟二人开始出现不和。
尧勒瓦斯削减司马依的军费开支。司马依对此表示不满，准备率领军队离开。尧勒瓦斯派兵阻拦，司马依奋力反抗后逃脱！从此，兄弟俩势同水火。尧勒瓦斯作为西域天山南路的总酋长，号召各个部落的酋长，把他的弟弟司马依从喀什噶尔驱逐往甘肃河州。
司马依辗转来到高原省，寻求高原法王的支持。高原法王不敢自专，请示皇帝陛下。
周垣指示高原省总督罗汝才以及法王，支持司马依进兵叶尔羌。
尧勒瓦斯自然不甘屈服，率兵抵抗，双方进入拉锯战。
吐鲁番一带，从此陷入混战之中。但是此刻，豪格正在巩固在迪化的统治，对吐鲁番的混战无力顾及。
尧勒瓦斯对天山南部昆仑省的各地酋长明加笼络，暗夺其权，致使各地的酋长，俱不心服。
乌什、阿克苏的地方酋长，在司马依的策划之下，纷纷举兵抵抗。尧勒瓦斯采取各个击破的政策，击败司马依的势力，各地酋长不得不逃亡至河西走廊。
尧勒瓦斯接收了库车、拜城，控制了喀喇沙尔以南、塔里木盆地西部的大部分地方。野心膨胀到极点的尧勒瓦斯认为
华夏帝国政府在西域的统治已近乎崩溃，遂令人杀死库车城内的华夏帝国政府地方官员，公开举兵反叛。
周垣认为彻底清除塔里木盆地的叛军势力机会已经到了，传谕宋奎，豪格全力擒拿尧勒瓦斯叛军。
五月初，华夏军平叛部队包围库车城。
库车城墙十分坚固，由尧勒瓦斯亲信驻守。
华夏军向城内发射光气炮弹，遇大风效果不好，第二次发射黄磷燃烧弹。城内建筑多为土木结构，上面覆盖茅草。红磷燃烧弹所到之处，皆是熊熊大火。城中叛军，无一活命。
就在华夏军围攻库车之时，赛喇木、沙雅尔两地的酋长，向华夏军投降。随后，和阗以及和阗所辖的哈喇哈什（今墨、克勒底雅、齐尔拉、玉陇哈什、塔克全部归降。
至此，仅有喀什噶尔、叶尔羌二城尚在尧勒瓦斯手中。
尧勒瓦斯败退回叶尔羌驻守，坚壁清野，并散布谣言称华夏军队要来杀尽叛乱军队。
宋奎进兵叶尔羌城下，不忍心城中的百姓玉石俱焚，决定设法诱敌出战。但是，尧勒瓦斯已经吓破了胆，固守不出。
宋奎一方面命令华夏军包围叶尔羌，同时命令2个蒙古骑兵师袭击叛军在叶尔羌城南的英额齐盘山的牧场。
蒙古骑兵师由城南渡黑水，斩杀英额齐盘山的叛军家属3万多人，余者西窜。
黑水之战的同时，天山省军区骑兵六师的援军趁夜行军，在黎明时分，将叛军武装的残部包围，仅有少数兵丁逃出。
叶尔羌城内的叛军，向城外的华夏军轮番发动攻击，均被击退。
叛军见华夏军打算长期围困，待他们粮尽时不攻自破。尧勒瓦斯下令节约口粮，实行配给制。
华夏军工兵部队引叶尔羌河上游河水灌入城内，至城内一片汪洋，很多房屋被泡塌。三个月后，尧勒瓦斯军粮耗尽，士兵只得焚煮马鞍、皮革，甚至掠取平民烹食。
尧勒瓦斯见大势已去，从密道潜逃，至喀什噶尔。
尧勒瓦斯经过休整之后，派遣5000名骑兵进攻和阗，阻截额里齐、哈喇哈什之间道路；并诱降当地伯克。
和阗当地驻防华夏军只有一个营的兵力，面对强敌，战士们浴血奋战，全部阵亡。
周垣接到消息之后，大为震怒，并组建的沙漠师的两个旅，对占领和阗的叛军发起攻击。尧勒瓦斯叛军克勒底雅头人四德与塔克头人默里善也将诺们伯克、毛拉岳科卜等擒献，和阗平定。
尧勒瓦斯经过一连串的打击，整个陷入了困境。叶尔羌部族人心惊动，尧勒瓦斯将家眷、财物移往赫色勒塔克，自己仅与亲信留在喀什噶尔居住。
华夏军6万多人由乌什南下，进兵喀什噶尔，交通沿线以及重要的关隘，均派兵驻守。
尧勒瓦斯准备逃离，不过临走之前，他命令手下精锐以抗击汉兵为由，向城内居民勒索财物、兵器；并毁坏城内街市、城门，裹挟喀什噶尔及附属各城的贵族、民众西逃。
喀什噶尔居民不愿随行，在途中纷纷逃逸，多前往附近的伽师县。驻守伽师县的华夏军守备部队，收留逃亡民众，闭城拒守。
尧勒瓦斯叛军一路抢劫。叶尔羌居民的马匹、牲畜被洗劫一空，当地毛拉也被勒索白银四千两。
华夏军一路追击，同时传檄给中亚地区的各个部落酋长，协同搜捕尧勒瓦斯叛军。
尧勒瓦斯向西进入葱岭群山中的巴达克山，遭到当地部落酋长围追堵截。尧勒瓦斯见向西的路不通，只得北上安集延。得知华夏军骑兵部队追紧，于是弃其辎重，令家眷先行。沿途无水草之处，只得以大麦喂马。
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