战乱中颠簸流离，他随着一个顺军将领逃到河南，种了一年地，之后清军清查流贼，那顺将跑了，他又转转来到凤阳，被一位明朝的老给事中认出身份，帮他改名换姓，变成了王士元。
此时南方抗清斗争如火如荼，老给事中便想联络西南抗清的明军，将他送过去，但是不想还没联络上，老给事中就因为参与反清事件，全家被杀，朱慈焕只能再次南逃，转转来到余姚。
不久之后，明朝光复南京，浙江的清军也向鲁监国投降，要说他已经在明军治下，应该可以出来表明身份，从新做个亲王。
只是皇家出生的朱慈焕对于政治斗争还是比较敏锐，加上他的胆子比较小，所以一直犹豫不绝。
那时唐鲁两王争位，他出来或许会有机会，但是他更害怕他出来之后，唐鲁对他下毒手，两王都有班底有人马，他虽有血统但身边却没有人，再加上他已经在胡家庄安定下来，便没有冒险出来。
再者，在他看来，现在朝野上下，似乎没有人在希望一个崇祯的皇子出来搅乱时局，就是那力挽狂澜的楚王，也并不是什么好人，最近又搞什么迁藩入台，他胆子小，没有安全感，现在虽然生活贫苦些，却有妻有子，并不愿意被流放海外莽荒，所以便一直隐藏下来。
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