此后，光海君围绕对金国书问题，不断与大臣发生冲突。
深河之战结束一个月后，努尔哈赤就派人送来国书，表示理解朝鲜为报壬辰倭乱时的再造之恩而援助明朝，并要求明确回答朝鲜的对后金政策。国书中努尔哈赤的头衔被翻译为“后金国汗”（这是“后金”一词的首次出现）。
备边司对此持强硬态度，光海君则生怕回信刺激后金招来国难，最后决定将努尔哈赤来信报告明朝，同时以平安道观察使朴烨的名义给“建州卫部下马法”送去回信。
努尔哈赤认为此信内容毫无新意，完全套用明朝的说辞，回信指责，并在万历四十八年（1620）连发三封国书，光海君虽力主“胡书不可不答”，却因明朝差官袁见龙的到来及辩诬徐光启等的监国朝鲜论而无暇顾及对后金的外交。
天启元年（1621），后金攻陷辽东，大量辽东难民流入朝鲜境内，努尔哈赤致书光海君，要求归还辽东人口。光海君与众臣又经过一番争论，决定不答复后金国书，只派满浦佥使郑忠信出使后金，同时以刺探情报的目的将出使之事告知毛文龙，征得其同意。
九月二十四日，郑忠信来到赫图阿拉，扬古利等接见了他，几乎没达成什么共识，其礼物也被努尔哈赤退回。
光海君见郑忠信无功而还，要求回复国书，被备边司拒绝。
努尔哈赤虽然暂时没有攻朝计划，但要求朝鲜必须在明与后金中作出选择，并交出毛文龙，讨厌朝鲜模棱两可的态度。同年十二月，努尔哈赤送去了口气更加严厉的国书，光海君愈发着急，扬言要把那些主张“闭关绝使”的大臣送去抵御后金。
天启二年（1622）二月，努尔哈赤在广宁接见了朝鲜使节河瑞国一行12人，问其为什么不抓来毛文龙时，河瑞国回答明为朝鲜之父，不可抓父亲家的人。努尔哈赤失去耐心，说他们是假托修好来刺探情报，将其中10人剜目后处死，剩下两人刺瞎双眼，携带措辞强硬的国书而回。其后又扣押朝鲜译官朴葵英与黄连海等人。
接着，后金即将侵犯朝鲜的消息传来，光海君再也坐不住了，决定无论如何也给后金要回复国书，大臣们虽然被迫同意，但没人敢署名，最后以“朝鲜国王致书后金国汗殿下”开头写了一封国书，质问后金为何虐待来使，并表达善邻友好之意，命文希贤送去。
尽管光海君破天荒地承认了努尔哈赤的地位，可仅仅如此显然不能满足努尔哈赤的要求，他“不受赠馈，不报国书，恐喝多端”，文希贤见了姜弘立一面后空手而返。
翌年朝鲜方面遣使五人，亦被扣押并虐杀。
随着光海君被废位，朝鲜与后金的往来也就戛然而止了。
光海君时，延续宣祖末年以来对日本德川幕府修好的政策，于万历三十七年（1609）同代表德川幕府的对马藩签订了《万历己酉新定约条》，通称《己酉约条》，对两国贸易作出了详细规定。万历三十八年（1610），对马岛的第一艘岁遣船来到东莱倭馆，朝鲜和日本正式恢复了通商关系。史称：“倭馆开市之初，燕货自本国流通于莱府，与倭交贩，故市利颇盛。”
万历四十五年（1617），光海君派遣了吴允谦为正使、朴梓为副使、李景稷为书状官的回答兼刷还使，回复日本的国书，刷还壬辰倭乱期间的朝鲜被掳人，并祝贺德川幕府平定大阪城，消灭丰臣氏，朝日邦交进一步巩固。
万历三十七年（1609）三月，琉球国中山王尚宁感谢朝鲜救助琉漂流人及表达善邻友好的咨文通过北京的使臣传达到朝鲜，约定“自今以往，请结永盟，贵国为兄，敝邦为弟，以弟兄而仰事天朝父母，欢睦聘问，愿与天长地久耳”。并赠送了绢、布、扇子等礼物。
光海君虽然以人臣无私交之义对此来函感到尴尬，但还是决定回礼致贺。
同年因琉球被日本萨摩藩攻陷，此事不了了之。
万历四十年（1610）八月，济州牧使李箕宾、判官文希贤抓获一艘疑似倭寇船只，夺取船上货物，处死船上所有人员。据说这艘船其实是前往日本贸易的中国商船（一说安南商船），船上还有一个琉球人，朝鲜人流传其是琉球世子。
后来朝鲜人发挥这个故事是琉球世子为了赎回其父，满载国宝赴日本，遇风暴漂流济州，牧使问其上有何物，世子回答酒泉石、漫山帐，牧使贪图宝物，要求世子给他，世子不给，遂将世子杀害。世子临终前作诗：“尧语难明桀服臣，临刑何暇诉苍旻？三良入穴人谁赎，二子乘舟贼不仁。骨暴沙场缠有草，魂归故国吊无亲。朝天馆下滔滔水，长带余悲咽万春。”
光海君得到了李箕宾贿赂的宝物，才免其罪责。
此后，朝鲜多次盛传琉球即将发兵复仇的消息。
仁祖反正后，仁穆大妃要求在呈给明朝的奏文中加入光海君杀害琉球世子的罪名，但被领议政李元翼劝阻。
韦总裁听完金内官的讲述，若有所思。
如果说仁祖李倧跟崇祯很像。
那光海君就是泰昌皇帝和天启皇帝朱由校的命运合体。
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